Archive for ‘Noticias 2012’

Informe de la evolución del estudio en retinosis pigmentaria de Biodonostia 2012

31/12/2012 

A lo largo del presente año hemos procedido a la caracterización genetico-molecular de los pacientes afectados de Retinosis Pigmentaria (RP) de Gipuzkoa.  En coordinación con el Servicio de Oftalmología del Hospital Donostia hemos podido recoger y procesar 277 muestras correspondiente a 110 casos índice y sus familiares.

 (A) Gracias a la colaboración establecida con el Dr. Carlos Cruchaga en la Universidad de Washington en St. Louis (USA), hemos realizado una búsqueda de variantes genéticas en 5 genes responsables de RP (USH2A, RHO, RPGR, PDE6B, RPE65). Para ello utilizamos la tecnología de secuenciado masivo de última generación conocida como Next Generation Sequencing (NGS).  Una de las limitación del uso de las plataformas de secuenciado masivo o NGS es la ingente cantidad de datos que se generan.

 Esto nos ha llevado a desarrollar

 (B) técnicas de cribado genético masivo, que hemos aplicado de manera previa al uso de NGS en el resto de genes a analizar en nuestras muestras de pacientes. Dichas técnicas nos ayudarán a minimizar el número de muestras a secuenciar en nuestra plataforma de NGS, y por tanto el impacto generado por la cantidad de datos. Dichas técnicas de cribado genético se basan en:

 B1.      Diferencias en la temperatura de separación de la doble cadena de DNA ó análisis de High Resolution Melting (HRM), que se está utilizando en los siguientes contextos genéticos:

 B1.1- Selección de pacientes que cumplen ciertos criterios diagnósticos clínicos (síndrome de Bardet Biedl o síndrome de Usher)

 B1.2- Genes de pequeño tamaño (< 5kb) con una prevalencia media/alta.

 B1.3- Locus ricos en mutaciones en genes muy prevalentes de gran tamaño.

 B2.    Arrays de DNA (Axiom® Exome Array de Affymetrix)

 Consiste en un chip que contiene unas 300.000 secuencias con SNPs causantes de numerosas enfermedades genéticas. De ellas, aproximadamente 5000 están asociadas a patologías de la retina, y unas 1600 son causantes de RP.

 Planes para el 2013

 Los planes para el 2013 se podrían resumir en 2 grandes grupos de estrategias:

 a) actualmente estamos realizando el procesado de muestras para analizar una segunda tanda de genes mediante la plataforma de secuenciado masivo del Instituto Biodonostia (Ion Torrent). El procesado de muestras estará listo para finales del 2012/principios del 2013 y los datos se analizarán a lo largo del 2013.

 b) por otro lado se está realizando una recolección de muestras de varios familiares de afectados de RP. Una vez finalizada la recolección se procederá a la búsqueda de mutaciones mediante un array de DNA de Affimetrix a lo largo del 2013, de manera similar a como se realizó a lo largo del 2012 con una primera tanda de pacientes y sus familiares.

Resumen  2012

 A) Next Generation Sequencing (NGS)

Se analizaron 5 genes. Se encontraron 14 mutaciones en los 5 genes, en un total de 21 pacientes. En 9 de estos pacientes, la mutación podría explicar la causa de la enfermedad.

 B) High Resolution Melting (HRM)

Se analizaron un total de 7 genes hasta el momento utilizando esta técnica. Se han encontrado un total de 10 mutaciones en 6 de los genes en un total de 11 pacientes. En 3 de estos pacientes, la mutación podría explicar la causa de la enfermedad.

 C) Arrays de DNA

En este caso el chip contiene todos los genes implicados en RP y en otras patologías. Se encontraron mutaciones en 4 genes de RP en 8 pacientes. En estos 8 pacientes, la mutación podría explicar la causa de la enfermedad.

 En conclusión, utilizando las técnicas arriba descritas, hemos encontrado hasta el momento un total de 29 mutaciones en 15 genes de Retinosis Pigmentaria que podría explicar la causa de la enfermedad en 21 pacientes.

Aportación económica de Begisare en el 2012 al proyecto de investigación en retinosis pigmentaria del Instituto Biodnostia

 31/12/2012

Para seguir colaborando con el estudio de RP que el Instituto Biodonostia está llevando a cabo, BEGISARE en el año 2012 ha aportado 16.500 euros procedentes de las siguientes partidas:

 3.550 € de cuotas y donativos de socios, familiares y amigos

3.650 € de venta de Lotería de Navidad

8.300 € de subvenciones de empresas e instituciones

 ¡Gracias por vuestra colaboración!

Vuestro apoyo nos ayudará a avanzar.

Charla informativa sobre el «Estudio Epidemiológico, Clínico y Molecular de la Retinosis Pigmentaria en Gipuzkoa»

25.02.2012

El pasado 25 de febrero Ander Anasagasti, licenciado en Farmacia y realizando el pre-doctorado bajo la dirección de Javier Ruiz, investigador principal del proyecto, impartió una charla en la que nos presentó los resultados obtenidos en el estudio durante el año 2011, las estrategias a seguir para el 2012, cuáles han sido las fuentes de financiación así como los grupos implicados.
Comenzó explicando los principales retos o las dificultades con las que se han encontrado al realizar este estudio sobre la RP, entre los cuales destacó:
– La existencia de una gran heterogeneidad genética, es decir, hay muchos genes implicados y muy diversos. Se conocen 65 genes implicados que alcanzan a explicar el 60% de los casos mundiales de RP. Por tanto, quedan el 40% de los casos originados por genes o causas desconocidas.
– Además de los tres tipos de herencia mendeliana clásica, se dan herencias complejas: el digenismo, la herencia mitocondrial, la heterocigosis compuesta o la penetrancia incompleta.
– Una mutación no se asigna directamente a una patología, esto es, es necesario hacer estudios de asociación y compatibilidad para poder determinar si es la causante de la enfermedad.
– Los métodos de secuenciación masiva utilizados hasta ahora tienen por un lado la limitación en la detección de delecciones de pequeño y gran tamaño, y por otro lado generan un gran volumen de datos difíciles de manejar y difíciles de interpretar lo que genera un trabajo arduo y lento.
Se han secuenciado 5 genes, (RHO, USH2A, RPGR, RPE65 y PDE6B) que en su conjunto suponen más del 30% de los casos a nivel mundial de RP.
RESULTADOS DURANTE EL 2011
Se han encontrado 8 individuos con mutaciones patogénicas causantes de RP, de los cuales:
– 6 casos están confirmados
– 2 casos pendientes de confirmar con posteriores estudios, (aumentando la información de los árboles genealógicos y obteniendo DNA de los progenitores directos)
Se han encontrado 11 individuos con mutaciones recesivas en heterocigosis, es decir, con la mutación en una sola copia de DNA por lo tanto no se puede concluir que sean causantes de RP, puesto que una herencia recesiva necesita de dos copias mutadas.
Se ha encontrado 1 mujer portadora para un gen ligado al X. Esta mutación no explica la patogenidad de la enfermedad en esta mujer pero es interesante para poder llegar a posteriores estudios.
ESTRATEGIAS PARA EL 2012
Con el fin de poder ampliar los resultados obtenidos hasta el momento, Ander nos explicó cuáles son lon nuevos métodos que pretenden utilizar en breve:
– Chips de DNA que detectan todo tipo de mutaciones, también delecciones de mediano a pequeño tamaño. En este momento existen chips que presentan 1600 mutaciones relacionadas con RP que abarcan los 65 genes conocidos hasta ahora. Económicamente han descendido significativamente.
– Metodo HRM: Se detectan todo tipo de mutaciones, también las pequeñas y medianas delecciones. No nos dicen qué tipo de mutaciones hay ni donde están pero nos ayuda a realizar un cribado de todos los pacientes ya que nos dice si hay mutación o no.
– Método MLPA: Se detectan delecciones e inserciones medianas y grandes.
– Uso de Enzimas de Restricción: Detectan secuencias determinadas.
FINANCIACION
La financiación con la que se cuenta para poder llevar a cabo este estudio es la que procede del Proyecto Asociado al Contrato Miguel Servet (2011-2013), del Proyecto Saiotek (2011-2012) y de las donaciones que está realizando Begisare (2009, 2010,2011).
GRUPOS IMPLICADOS
Los grupos implicados en el proyecto hasta el momento y los que se preveen a medio largo plazo son: Servicio de Oftalmología del Hospital Donostia (Cristina Irigoyen, Javier Mendicute), Instituto Biodonostia (Javier Ruiz Ederra, Adolfo López de Munain, Olatz Barandika, Ander Anasagasti), Universidad de Washington, en Saint Louis (Carlos Cruchaga), Inbiomed (Cristina Sánchez y Charo Sánchez), Clínica Quirón (Giacomo de Benedetti).

Finalmente, respondió gustosamente a todas las preguntas que surgieron.

 

 

 

 

 

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