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Artxiboa: ‘Biodonostia’

Informe de la evolución del estudio en retinosis pigmentaria de Biodonostia 2013

A lo largo de este último año hemos podido realizar un avance significativo en la caracterización genético-molecular de los pacientes
afectados por Retinosis Pigmentaria (RP), procedentes del Servicio de Oftalmología, del Hospital Donostia y en coordinación con la Asociación de Afectados por Retinosis Pigmentaria de Gipuzkoa (BEGISARE).

Hemos logrado identificar variantes genéticas o mutaciones, que podrían explicar la causa molecular de la enfermedad en 32 nuevos pacientes. Para ello hemos utilizado 3 estrategias complementarias:

1- PGM-Ion Torrent. Uno de los hechos más destacables a lo largo del año 2012 fue la puesta en marcha y validación del sistema de secuenciado masivo recientemente adquirido por el Instituto Biodonostia: PGM-Ion Torrent. Gracias a este sistema hemos podido analizar 31 genes responsables de RP.
2- Análisis HRM. Siguiendo con esta estrategia con la que pudimos analizar 5 genes de RP el año anterior, hemos podido analizar otros 11 genes de RP a lo largo de este último año.
3- Arrays de DNA. Hemos terminado de analizar los datos del primer arrays o chips de DNA (Axiom Exome de Affimetrix), cuyo  análisis se inició en el año anterior y se ha analizado un segundo chip. Además, con el conocimiento adquirido al analizar
el primer chip, hemos podido desarrollar una estrategia de filtrado de datos para poder analizar el segundo chip de una forma más sencilla, precisa rápida y coste-efectiva. En este caso se analizan ciertas variantes implicadas en distrofias de la retina en un total de 150 genes, entre los que se incluyen 80 genes relacionados con RP.

Utilizando estas tres estrategias, hemos podido identificar un total de 32 pacientes con variantes o mutaciones implicadas en la distrofia de la retina, en un total de 23 variantes en 15 genes (12 genes de RP y 3 genes relacionados con una distrofia de conos y bastones). Resulta destacable el hecho de que 10 de las 23 variables (43%) se trata de variantes noveles, debido a que 2 de las
3 técnicas empleadas analizan toda la región del gen analizado y no se limitan al análisis de las variantes previamente conocidas.

Planes para el 2014
A lo largo del 2014 tenemos planeado avanzar en el diagnóstico genético-molecular de aquellos pacientes en los que no se ha logrado aun su caracterización. Para ello utilizaremos las siguientes estrategias:
-HRM: se analizarán genes de tamaño medio, con una prevalencia alta.
-Arrays de DNA: se analizarán 95 nuevas muestras
-Next Generation Sequencing : se analizarán genes de gran tamaño, con una prevalencia alta y se re-analizarán aquellas secuencias no cubiertas en los pacientes estudiados a lo largo del pasado 2013.

Aportación económica de Begisare en el 2013 al proyecto de investigación en retinosis pigmentaria del Instituto Biodnostia

Para seguir colaborando con el estudio de RP que el Instituto Biodonostia está llevando a cabo, BEGISARE en el año 2013 ha aportado 20.000 euros procedentes de las siguientes partidas:

– 2.541,50 € por los donativos de familiares y amigos
– 1.478,76 € logrados a través de la venta de artesanía
– 6.491,00 € obtenidos a través de la venta de Lotería de Navidad
– 2.856,00 € de cuota de socios (ya que 28 euros van directamente
a investigación)
– 6.632,74 € de subvenciones de empresas e instituciones que
subvencionaqn nuestros proyectos.

¡Gracias por vuestra colaboración!

Vuestro apoyo nos ayudará a avanzar.

 

 31/12/2012

Aportación económica de Begisare en el 2012 al proyecto de investigación en retinosis pigmentaria del Instituto Biodnostia

Para seguir colaborando con el estudio de RP que el Instituto Biodonostia está llevando a cabo, BEGISARE en el año 2012 ha aportado 16.500 euros procedentes de las siguientes partidas:

3.550 € de cuotas y donativos de socios, familiares y amigos

3.650 € de venta de Lotería de Navidad

8.300 € de subvenciones de empresas e instituciones

 

¡Gracias por vuestra colaboración!

Vuestro apoyo nos ayudará a avanzar.

Charla informativa de Biodonostia 2013

02/03/2013
El pasado sábado 2 de marzo la oftalmóloga Cristina Irigoyen y el estudiante de predoctorado Ander Anasagasti, ambos miembro del equipo de investigación del proyecto de investigación en Retinosis Pigmentaria que está llevando a cabo el Instituto Biodonostia,  dieron una charla para informar a los participantes en el estudio sobre los resultados obtenidos en el 2012 y el trabajo previsto para este año.

Asimismo, la doctora Irigoyen nos explicó de forma sencilla y accesible los pilares básicos de la herencia genética, lo cual ayudó a todos a comprender mejor nuestro diagnóstico y/o consejo genético.

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Biodonostia agradece el apoyo de sus benefactores

19.01.2013

El Instituto Biodonostia celebró ayer un encuentro para agradecer a todos los benefactores que apoyan el centro en la investigación sanitaria. Son los ayuntamientos de Azkoitia, Azpeitia, Beasain, Legazpi, Urretxu y Zumarraga, la Diputación de Gipuzkoa, Kutxabank, Goieki, Begisare, el Hospital Universitario Donóstia, la asociación Katxalin y Ramon Barinaga, a título personal. Gracias a su aportación, se a ha conseguido poner en marcha el aérea de investigación oncológica y avanzar en el resto de proyectos.

<a target=”_blank” href=”https://www.begisare.org/admin/gestor/actividades/fotosgrandes/DV_Biodonostia_2013.jpg”>BIODONOSTIA EN DV</a>

<a target=”_blank” href=” https://www.begisare.org/admin/gestor/actividades/fotosgrandes/diploma_Biodonostia_2013.jpg”>DIPLOMA BIODONOSTIA</a>

Informe de la evolución del estudio en retinosis pigmentaria de Biodonostia 2012

31/12/2012 

A lo largo del presente año hemos procedido a la caracterización genetico-molecular de los pacientes afectados de Retinosis Pigmentaria (RP) de Gipuzkoa.

 

En coordinación con el Servicio de Oftalmología del Hospital Donostia hemos podido recoger y procesar 277 muestras correspondiente a 110 casos índice y sus familiares.

 

(A) Gracias a la colaboración establecida con el Dr. Carlos Cruchaga en la Universidad de Washington en St. Louis (USA), hemos realizado una búsqueda de variantes genéticas en 5 genes responsables de RP (USH2A, RHO, RPGR, PDE6B, RPE65). Para ello utilizamos la tecnología de secuenciado masivo de última generación conocida como Next Generation Sequencing (NGS).

 

Una de las limitación del uso de las plataformas de secuenciado masivo o NGS es la ingente cantidad de datos que se generan.

 

Esto nos ha llevado a desarrollar

 

(B) técnicas de cribado genético masivo, que hemos aplicado de manera previa al uso de NGS en el resto de genes a analizar en nuestras muestras de pacientes. Dichas técnicas nos ayudarán a minimizar el número de muestras a secuenciar en nuestra plataforma de NGS, y por tanto el impacto generado por la cantidad de datos. Dichas técnicas de cribado genético se basan en:

 

B1.      Diferencias en la temperatura de separación de la doble cadena de DNA ó análisis de High Resolution Melting (HRM), que se está utilizando en los siguientes contextos genéticos:

 

B1.1- Selección de pacientes que cumplen ciertos criterios diagnósticos clínicos (síndrome de Bardet Biedl o síndrome de Usher)

 

B1.2- Genes de pequeño tamaño (< 5kb) con una prevalencia media/alta.

 

B1.3- Locus ricos en mutaciones en genes muy prevalentes de gran tamaño.

 

B2 Arrays de DNA (Axiom® Exome Array de Affymetrix)

 

Consiste en un chip que contiene unas 300.000 secuencias con SNPs causantes de numerosas enfermedades genéticas. De ellas, aproximadamente 5000 están asociadas a patologías de la retina, y unas 1600 son causantes de RP.

 

Planes para el 2013

 

Los planes para el 2013 se podrían resumir en 2 grandes grupos de estrategias:

 

a) actualmente estamos realizando el procesado de muestras para analizar una segunda tanda de genes mediante la plataforma de secuenciado masivo del Instituto Biodonostia (Ion Torrent). El procesado de muestras estará listo para finales del 2012/principios del 2013 y los datos se analizarán a lo largo del 2013.

 

b) por otro lado se está realizando una recolección de muestras de varios familiares de afectados de RP. Una vez finalizada la recolección se procederá a la búsqueda de mutaciones mediante un array de DNA de Affimetrix a lo largo del 2013, de manera similar a como se realizó a lo largo del 2012 con una primera tanda de pacientes y sus familiares.

 

Resumen  2012

 

A) Next Generation Sequencing (NGS)

Se analizaron 5 genes. Se encontraron 14 mutaciones en los 5 genes, en un total de 21 pacientes. En 9 de estos pacientes, la mutación podría explicar la causa de la enfermedad.

 

B) High Resolution Melting (HRM)

Se analizaron un total de 7 genes hasta el momento utilizando esta técnica. Se han encontrado un total de 10 mutaciones en 6 de los genes en un total de 11 pacientes. En 3 de estos pacientes, la mutación podría explicar la causa de la enfermedad.

 

C) Arrays de DNA

En este caso el chip contiene todos los genes implicados en RP y en otras patologías. Se encontraron mutaciones en 4 genes de RP en 8 pacientes. En estos 8 pacientes, la mutación podría explicar la causa de la enfermedad.

 

En conclusión, utilizando las técnicas arriba descritas, hemos encontrado hasta el momento un total de 29 mutaciones en 15 genes de Retinosis Pigmentaria que podría explicar la causa de la enfermedad en 21 pacientes.

“Gipuzkoan Erretinosi Pigmentarioaren Azterlan Epidemiologiko, Kliniko eta Molekularra”-ri buruzko informazio-bilera

2012.02.25

Pasaden otsailaren 25ean Ander Anasagastik, Farmazian lizentziatua eta proiektuaren ikerlari nagusia den Javier Ruiz-en zuzendaritzapean aurre-doktoradutza burutzen ari dena, ikerlanak 2011 urtean zehar izan dituen emaitzak, 2012an jarraitu beharreko estrategiak eta, azkenik, finantziazio-iturri eta inplikaturiko lan-taldeak aurkeztu zituen.
RP-aren inguruko azterlan hau burutzerakoan aurkeztu dituzten erronka edota zailtasun nagusiak azaltzen hasi zuen bere hitzaldia, eta hurrengoak nabarmendu zituen:
– Heterogeneitate genetiko zabal baten existentzia, hau da, inplikaturiko gen asko dago eta oso ezberdinak dira. Mundu mailan RP kasuen %60a suposatzen duten 65 gen ezagutzen dira. Hori dela eta, oraindik kasuen %40a ezezagunak diren gen edo kausetatik eratorritakoa da.
– Oinordetza mendeliar klasikoko hiru tipoez gain oinordetza konplexuak suertatzen dira: digenismoa, oinordetza mitokondriala, heterozigosi osoa edo osoa ez den penetrantzia.
– Eraldaketa bat ez zaio zuzenean patologia bati atxikitzen, hots, gaixotasuna eragiten duena dela bermatu ahal izateko beharrezkoa da asoziazio eta bateragarritasun azterlanak burutzea.
– Orain arte sekuentziazio masiborako erabilitako metodoak, alde batetik, tamaina txiki eta handiko delekzioak aurkitzeko mugapena du eta, bestetik, maneiatu eta interpretatzeko zailak suertatzen diren datu kopuru handia sortzen du eta, era berean, lan astun bezain motela erakarriaz.
Orotara mundu mailan RP kasuen %30a baino gehiago suposatzen duten 5 gen sekuentziatu dira (RHO, USH2A, RPGR, RPE65 eta PDE6B).
2011 URTEAN ZEHAR IZANDAKO EMAITZAK
RP-a eragiten duten eraldaketa patogenikoak dituzten 8 pertsona aurkitu dira, horietako:
– 6 kasu baieztatuta daude.
– 2 kasu ondorengo azterlanekin baieztatzeke daude (zuhaitz genealogikoetako informazioa areagotuz eta zuzeneko gurasoen DNA eskuratuz)
Heterozigosian mutazio errezesiboak dituzten 11 indibiduo aurkitu dira, hau da, ADN-aren kopia bakarrean dute eraldaketa eta, beraz, RP-a eragiten dutenik ezin daiteke baieztatu oinordetza errezesibo batek bi kopiak izan behar baititu mutatuak.
X-ri loturiko genearen eramailea den emakume bat topatu da. Eraldaketa honek ez du emakumezko honetan ematen den gaixotasunaren patogenizitatea argitzen, baina etorkizuneko ikerlanetara iritsi ahal izateko interesagarria da.
2012-RAKO ESTRATEGIAK
Orain arte eskuratutako emaitzak zabaldu ahal izateko helburuarekin hemendik gutxira erabiltzen hasi nahi dituzten metodo berriak zeintzuk diren azaldu zigun Anderrek:
– Era guztietako eraldaketak antzematen dituzten DNA chip-ak, baita tamaina ertainetik txikirako delekzioak ere. Egun ezagutzen diren 65 geneetara hedatzen diren eta RP-ari loturiko 1600 mutazio aurkezten dituzten chip-ak existitzen dira. Ekonomikoki euren balioa nabarmenki jaitsi da.
– HRM metodoa: mota orotako mutazioak detektatzen dira, baita delekzio txiki eta ertainak ere. Ez digu esaten ez zein motatako eraldaketak diren ezta non dauden ere, baina gaixo guztien baheketa bat egiten laguntzen digu mutazioa dagoen edo ez esaten baitu.
– MLPA metodoa: delekzio eta intserzio ertain eta handiak antzematen ditu.
– Entzima Murriztaileen erabilera: zehazturiko sekuentziak detektatzen ditu.
FINANTZAKETA
Ikerlan hau aurrera eraman ahal izateko dagoen finantzaketa Miguel Servet Kontratuari Loturiko Proiektu (2011-2013), Saiotek Proiektu (2011-2012) eta BEGISARE elkartea gauzatzen ari den dohaintzetatik (2009, 2010, 2011) eratortzen da.
INPLIKATURIKO LAN-TALDEAK
Proiektuan orain arte eta epe ertain-luze batean parte hartzea aurreikusten diren lan-taldeak hurrengoak dira: Donostia Ospitaleko Oftalmologia Zerbitzua (Cristina Iriogyen eta Javier Mendicute), Biodoostia Institutua (Javier Ruiz Ederra, Adolfo López de Munain, Olatz Barandika eta Ander Anasagasti), Washington-eko Unibertsitatea Saint Louis-en (Carlos Cruchaga), Inbiomed (Cristina Sánchez eta Charo Sánchez) eta Quirón Klinika (Giacomo de Benedetti).
Bukatzeko, atsegin handiz erantzun zien sortu ziren galdera guztiei.

 

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Informe de la evolución del estudio en retinosis pigmentaria de Biodonostia 2011

31/12/2011 

A lo largo del 2011 se inició el estudio genético de los 96 casos índice de retinosis pigmentaria recogidos por la Dra. Cristina Irigoyen en la Unidad de Oftalmología del Hospital Donostia. Para el estudio se ha agrupado a cada familia afectada de RP en 1 caso índice. Esto hace que, a pesar de haber alrededor de 200 muestras de sangre, en el informe se hable de 96 casos índice o unidades familiares. 

 

El secuenciado, de segunda generación,  se está llevando a cabo en colaboración con el grupo dirigido por el Dr. Cruchaga en la Universidad de Washington en St. Louis (EEUU).

 

En una primera fase se ha realizado la secuenciación de 5 genes de RP (RHO, USH2A, RPGR, RPE65 y PDE6B) que en su conjunto suponen algo más del 30% de todos los casos de RP a nivel mundial.

 

A finales de noviembre de 2011 se recibió un informe preliminar con los resultados de esta primera ronda de secuenciado y a comienzos de enero del presente año se recibió un informe definitivo, con los resultados, que  actualmente el grupo del Dr. Javier Ruiz está validando mediante secuenciación directa en el laboratorio de Neurociencias de Biodonostia, dirigido por el Dr. Adolfo López de Munain.

 

Debido a la complejidad de la enfermedad, las pruebas tanto de análisis como de validación llevan mucho tiempo y esfuerzo. En cualquier caso es imprescindible tomarse este tiempo ya que de nada sirve tener un diagnóstico si no se tiene la seguridad completa de que éste es correcto.

 

A la espera de esta validación, podemos concluir lo siguiente:

 

  • Se han encontrado mutaciones genéticas clasificadas como patogénicas en estudios anteriores en 14 individuos, que podrían justificar la causa de enfermedad hasta en un total de 9 de los pacientes, una vez se finalicen todos los análisis en curso.

 

  • Se ha encontrado además una variante clasificada como probablemente patogénica y 13 variantes nóveles. Se llevarán a cabo estudios en profundidad para confirmar si  también estas variaciones son causa de la enfermedad.

 

  • Han aparecido también variaciones no-patogénicas, variaciones raras o SNPs que aunque por sí mismas no sean causa de la enfermedad, pueden estar asociadas a un incremento del riesgo de la RP, y deberían también estudiarse en profundidad.

 

Planes para el 2012

 

Se continuará con la validación de los resultados presentados. Una vez finalizado este trabajo se informará personalmente a aquellos participantes del estudio a los que se les hayan encontrado variaciones en esta primera fase de secuenciación. A la vez se seguirá avanzando analizando el resto de genes que explican la RP.

 

Debido a la complejidad de la enfermedad y las dificultades que su análisis conlleva, se valorarán distintas posibilidades para continuar con el genotipado del resto de genes de RP: continuar utilizando la secuenciación de segunda generación en colaboración con el grupo dirigido por el Dr. Cruchaga en la Universidad de Washington; utilizar la tecnología de Ion Torrent, recientemente adquirido por el Instituto Biodonostia; técnicas de cribado masivo de mutaciones basados en la técnica llamada HRM; el uso de chips de genotipado o una combinación de las mismas, con objeto de poder avanzar en la identificación de las mutaciones de RP, con la mayor eficacia posible.

 

Para seguir adelante con el proyecto el Investigador Javier Ruiz Ederra, además de contar con los fondos aportados por Begisare hasta ahora y con la beca Miguel Servet que le concedieron en el 2010, recientemente ha obtenido financiación del Departamento de Industria del Gobierno Vasco a través del programa SAIOTEK para el periodo 2011-2012. Esto le permitirá hacer frente a varios de los gastos derivados del estudio como los relacionados con el proceso de secuenciación.

 

Recientemente, utilizando los fondos aportados por Begisare, se ha podido contratar al estudiante predoctoral Ander Anasagasti, que ha comenzado a participar en el estudio desde el 2 de enero del presente año, lo cual será de gran ayuda para avanzar en el proyecto de RP. 

 

Y siguiendo con las contrataciones, el proyecto cuenta desde abril del 2011 con un miembro más, la técnico Olatz Barandika, que venía asociada a la beca Miguel Servet y que estará financiada para 3 años (2011-2013). Gracias a su eficaz trabajo y motivación se está logrando que el proyecto avance con mayor rapidez.

 

Resumen de la primera fase del estudio genético

 

–          Se han secuenciado 5 de los más de 60 genes conocidos hoy en día que explican la RP y que representan un 30% de los casos de RP a nivel mundial.

–          Se han encontrado 9 individuos con mutaciones que podrían explicar la causa de la patología. De estos 9 casos:

– 4 ya están confirmados.

– 1 presenta una mutación muy probablemente patogénica en el gen de USH2A, que está pendiente de ser confirmada por el método de secuenciado directo;

– 3 casos presentan mutaciones en heterozigosis en el gen RHO, que serían patogénicas si se heredan de manera dominante. Estamos pendientes de ampliar la información relativa a la genealogía familiar de estos 3 casos para poder confirmar este dato.

– 1 presenta una mutación en el gen RPGR, ligado al cromosoma X, en el que se necesita ampliar el estudio con análisis citogenético y genealógico.

Aportación económica de Begisare al proyecto de investigación en Retinosis Pigmentaria en el 2011

31/12/2011 

Para seguir colaborando con el estudio de RP que el Instituto Biodonostia está llevando a cabo, BEGISARE en el año 2011 ha aportado 15.500 euros procedentes de las siguientes partidas:

 

3.550 € de cuotas y donativos de socios, familiares y amigos

3.650 € de venta de Lotería de Navidad

8.300 € de subvenciones de empresas e instituciones

 

¡Gracias por vuestra colaboración!

 

Vuestro apoyo nos ayudará a avanzar.

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Reunión informativa sobre el “Estudio Epidemiológico, Clínico y Molecular de la Retinosis Pigmentaria en Gipuzkoa”

Donostia, 02.04.2011

Debido a que han pasado ya 2 años desde que pusimos en marcha el proyecto “Estudio Epidemiológico, Clínico y Molecular de la Retinosis Pigmentaria en Gipuzkoa” y a que ha llovido mucho desde entonces, el pasado 2 de abril organizamos una charla para hacer balance de lo realizado hasta ahora y presentar lo que se hará a futuro. Para ello contamos con la presencia de las 3 personas que, con su participación, trabajo y esfuerzo, han hecho posible que en Gipuzkoa se investigue en una enfermedad tan rara y a la vez tan cercana a nosotros como la retinosis pigmentaria. Ellos son:

El Dr. Adolfo López de Munain, principal impulsor del proyecto de RP, es director de la Unidad de Neurogenética del Hospital Donostia y Responsable del Área de Neurociencias de la Comisión de Investigación del Instituto Biodonostia. Toda su carrera profesional ha venido marcada por una intensa actividad investigadora. Es miembro fundador de varias asociaciones en el área de la genética, lidera desde hace años un grupo de jóvenes clínicos e investigadores básicos, ha dirigido múltiples tesis doctorales y es autor de cientos de publicaciones.
Él nos habló de las visicitudes del proyecto, enumerando todo lo hecho hasta ahora y lo que queda todavía por hacer. Nos explicó los problemas de financiación a los que se han tenido que enfrentar, las soluciones que se han buscado para ellos y nos anunció que, inminentemente, las muestras de sangre de los participantes del proyecto se enviarán a EEUU para ser analizadas genéticamente. Se prevé que un plazo aproximado de 6 meses tengamos los resultados y por tanto el genotipado para todos aquellos afectados cuya mutación de gen sea conocida.

La Dra. Cristina Irigoyen, investigadora principal del área clínica del proyecto de RP, es Licenciada en Medicina por la Universidad de Navarra. Durante la especialidad realizó estancias en el Moorfields Eye Hospital de Londres. Por su interés en la patología vitreorretiniana siguió su formación con un fellowship clinico-quirúrgico en el Hospital Universitario de Liverpool. En el 2009, bajo el proyecto de RP, revisó clínicamente a más de 100 pacientes afectados por retinosis pigmentaria.
El pasado sábado hizo balance de los resultados obtenidos en la parte clínica del proyecto, detallando el número de participantes y familias analizados y las patologías relacionadas con la RP halladas y tratadas durante este tiempo. Nos habló también del trabajo realizado durante su estancia en el Hospital Universitario de Liverpool y nos explicó cuáles son los últimos avances en la clínica para tratar a pacientes de RP.

El Dr. Javier Ruiz Ederra, principal investigador en el área genética del proyecto de RP, es Doctor en Biología. Su tesis, dirigida por las Dras. Elena Vecino y Mónica García, estuvo relacionada con temas oculares. Realizó su posdoctorado en la Universidad de California donde pasó 5 años investigando en el entorno de diversas fisiopatologías oculares. Recientemente ha obtenido un contrato Miguel Servet a través del Ministerio de Ciencia e Innovación, que le ha permitido incorporarse al instituto Biodonostia.
El Dr. Ruiz nos explicó en detalle cómo se realizará el genotipado de las muestras de sangre de los afectados, cuáles serán los primeros genes con los que se empiece a trabajar y qué proceso de investigación se seguirá. Nos habló también de las diferentes líneas de investigación que se están llevando a cabo para lograr detener/mejorar/curar la retinosis pigmentaria.   

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