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Informe de la evolución del estudio en retinosis pigmentaria de Biodonostia 2011

31/12/2011 

A lo largo del 2011 se inició el estudio genético de los 96 casos índice de retinosis pigmentaria recogidos por la Dra. Cristina Irigoyen en la Unidad de Oftalmología del Hospital Donostia. Para el estudio se ha agrupado a cada familia afectada de RP en 1 caso índice. Esto hace que, a pesar de haber alrededor de 200 muestras de sangre, en el informe se hable de 96 casos índice o unidades familiares. 

 

El secuenciado, de segunda generación,  se está llevando a cabo en colaboración con el grupo dirigido por el Dr. Cruchaga en la Universidad de Washington en St. Louis (EEUU).

 

En una primera fase se ha realizado la secuenciación de 5 genes de RP (RHO, USH2A, RPGR, RPE65 y PDE6B) que en su conjunto suponen algo más del 30% de todos los casos de RP a nivel mundial.

 

A finales de noviembre de 2011 se recibió un informe preliminar con los resultados de esta primera ronda de secuenciado y a comienzos de enero del presente año se recibió un informe definitivo, con los resultados, que  actualmente el grupo del Dr. Javier Ruiz está validando mediante secuenciación directa en el laboratorio de Neurociencias de Biodonostia, dirigido por el Dr. Adolfo López de Munain.

 

Debido a la complejidad de la enfermedad, las pruebas tanto de análisis como de validación llevan mucho tiempo y esfuerzo. En cualquier caso es imprescindible tomarse este tiempo ya que de nada sirve tener un diagnóstico si no se tiene la seguridad completa de que éste es correcto.

 

A la espera de esta validación, podemos concluir lo siguiente:

 

  • Se han encontrado mutaciones genéticas clasificadas como patogénicas en estudios anteriores en 14 individuos, que podrían justificar la causa de enfermedad hasta en un total de 9 de los pacientes, una vez se finalicen todos los análisis en curso.

 

  • Se ha encontrado además una variante clasificada como probablemente patogénica y 13 variantes nóveles. Se llevarán a cabo estudios en profundidad para confirmar si  también estas variaciones son causa de la enfermedad.

 

  • Han aparecido también variaciones no-patogénicas, variaciones raras o SNPs que aunque por sí mismas no sean causa de la enfermedad, pueden estar asociadas a un incremento del riesgo de la RP, y deberían también estudiarse en profundidad.

 

Planes para el 2012

 

Se continuará con la validación de los resultados presentados. Una vez finalizado este trabajo se informará personalmente a aquellos participantes del estudio a los que se les hayan encontrado variaciones en esta primera fase de secuenciación. A la vez se seguirá avanzando analizando el resto de genes que explican la RP.

 

Debido a la complejidad de la enfermedad y las dificultades que su análisis conlleva, se valorarán distintas posibilidades para continuar con el genotipado del resto de genes de RP: continuar utilizando la secuenciación de segunda generación en colaboración con el grupo dirigido por el Dr. Cruchaga en la Universidad de Washington; utilizar la tecnología de Ion Torrent, recientemente adquirido por el Instituto Biodonostia; técnicas de cribado masivo de mutaciones basados en la técnica llamada HRM; el uso de chips de genotipado o una combinación de las mismas, con objeto de poder avanzar en la identificación de las mutaciones de RP, con la mayor eficacia posible.

 

Para seguir adelante con el proyecto el Investigador Javier Ruiz Ederra, además de contar con los fondos aportados por Begisare hasta ahora y con la beca Miguel Servet que le concedieron en el 2010, recientemente ha obtenido financiación del Departamento de Industria del Gobierno Vasco a través del programa SAIOTEK para el periodo 2011-2012. Esto le permitirá hacer frente a varios de los gastos derivados del estudio como los relacionados con el proceso de secuenciación.

 

Recientemente, utilizando los fondos aportados por Begisare, se ha podido contratar al estudiante predoctoral Ander Anasagasti, que ha comenzado a participar en el estudio desde el 2 de enero del presente año, lo cual será de gran ayuda para avanzar en el proyecto de RP. 

 

Y siguiendo con las contrataciones, el proyecto cuenta desde abril del 2011 con un miembro más, la técnico Olatz Barandika, que venía asociada a la beca Miguel Servet y que estará financiada para 3 años (2011-2013). Gracias a su eficaz trabajo y motivación se está logrando que el proyecto avance con mayor rapidez.

 

Resumen de la primera fase del estudio genético

 

–          Se han secuenciado 5 de los más de 60 genes conocidos hoy en día que explican la RP y que representan un 30% de los casos de RP a nivel mundial.

–          Se han encontrado 9 individuos con mutaciones que podrían explicar la causa de la patología. De estos 9 casos:

– 4 ya están confirmados.

– 1 presenta una mutación muy probablemente patogénica en el gen de USH2A, que está pendiente de ser confirmada por el método de secuenciado directo;

– 3 casos presentan mutaciones en heterozigosis en el gen RHO, que serían patogénicas si se heredan de manera dominante. Estamos pendientes de ampliar la información relativa a la genealogía familiar de estos 3 casos para poder confirmar este dato.

– 1 presenta una mutación en el gen RPGR, ligado al cromosoma X, en el que se necesita ampliar el estudio con análisis citogenético y genealógico.

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