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Informe de la evolución del estudio en retinosis pigmentaria de Biodonostia 2012

31/12/2012 

A lo largo del presente año hemos procedido a la caracterización genetico-molecular de los pacientes afectados de Retinosis Pigmentaria (RP) de Gipuzkoa.  En coordinación con el Servicio de Oftalmología del Hospital Donostia hemos podido recoger y procesar 277 muestras correspondiente a 110 casos índice y sus familiares.

 (A) Gracias a la colaboración establecida con el Dr. Carlos Cruchaga en la Universidad de Washington en St. Louis (USA), hemos realizado una búsqueda de variantes genéticas en 5 genes responsables de RP (USH2A, RHO, RPGR, PDE6B, RPE65). Para ello utilizamos la tecnología de secuenciado masivo de última generación conocida como Next Generation Sequencing (NGS).  Una de las limitación del uso de las plataformas de secuenciado masivo o NGS es la ingente cantidad de datos que se generan.

 Esto nos ha llevado a desarrollar

 (B) técnicas de cribado genético masivo, que hemos aplicado de manera previa al uso de NGS en el resto de genes a analizar en nuestras muestras de pacientes. Dichas técnicas nos ayudarán a minimizar el número de muestras a secuenciar en nuestra plataforma de NGS, y por tanto el impacto generado por la cantidad de datos. Dichas técnicas de cribado genético se basan en:

 B1.      Diferencias en la temperatura de separación de la doble cadena de DNA ó análisis de High Resolution Melting (HRM), que se está utilizando en los siguientes contextos genéticos:

 B1.1- Selección de pacientes que cumplen ciertos criterios diagnósticos clínicos (síndrome de Bardet Biedl o síndrome de Usher)

 B1.2- Genes de pequeño tamaño (< 5kb) con una prevalencia media/alta.

 B1.3- Locus ricos en mutaciones en genes muy prevalentes de gran tamaño.

 B2.    Arrays de DNA (Axiom® Exome Array de Affymetrix)

 Consiste en un chip que contiene unas 300.000 secuencias con SNPs causantes de numerosas enfermedades genéticas. De ellas, aproximadamente 5000 están asociadas a patologías de la retina, y unas 1600 son causantes de RP.

 Planes para el 2013

 Los planes para el 2013 se podrían resumir en 2 grandes grupos de estrategias:

 a) actualmente estamos realizando el procesado de muestras para analizar una segunda tanda de genes mediante la plataforma de secuenciado masivo del Instituto Biodonostia (Ion Torrent). El procesado de muestras estará listo para finales del 2012/principios del 2013 y los datos se analizarán a lo largo del 2013.

 b) por otro lado se está realizando una recolección de muestras de varios familiares de afectados de RP. Una vez finalizada la recolección se procederá a la búsqueda de mutaciones mediante un array de DNA de Affimetrix a lo largo del 2013, de manera similar a como se realizó a lo largo del 2012 con una primera tanda de pacientes y sus familiares.

Resumen  2012

 A) Next Generation Sequencing (NGS)

Se analizaron 5 genes. Se encontraron 14 mutaciones en los 5 genes, en un total de 21 pacientes. En 9 de estos pacientes, la mutación podría explicar la causa de la enfermedad.

 B) High Resolution Melting (HRM)

Se analizaron un total de 7 genes hasta el momento utilizando esta técnica. Se han encontrado un total de 10 mutaciones en 6 de los genes en un total de 11 pacientes. En 3 de estos pacientes, la mutación podría explicar la causa de la enfermedad.

 C) Arrays de DNA

En este caso el chip contiene todos los genes implicados en RP y en otras patologías. Se encontraron mutaciones en 4 genes de RP en 8 pacientes. En estos 8 pacientes, la mutación podría explicar la causa de la enfermedad.

 En conclusión, utilizando las técnicas arriba descritas, hemos encontrado hasta el momento un total de 29 mutaciones en 15 genes de Retinosis Pigmentaria que podría explicar la causa de la enfermedad en 21 pacientes.

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